Juan Santos Atahualpa nació en el Cusco, hacia 1710. Al ser descendiente de la nobleza incaica estudió en el Colegio de Caciques San Francisco del Cusco.
En su juventud, fue llevado por sus maestros jesuitas a España y África. Al regresar, planificó la expulsión de los españoles y la restauración del Tahuantinsuyo. Se dirigió a la región del Gran Pajonal (Selva Central) donde los nativos estaban hartos de la explotación que sufrían después de ser evangelizados por los franciscanos.
Juan Santos se alió con curacas ashaninkas, shipibos, piros y shiriminques. Prometiendo “componer su reino” y coronarse en Lima, arengó a sus guerreros en Quisopango (cerca de Chanchamayo). En Lima, el virrey Marqués de Villagarcía ordenó que los gobernadores de Tarma y Jauja repriman a los rebeldes y capturar a su líder, pero ambos fracasaron. Desde 1745, el Virrey Conde de Superunda, envió varias expediciones punitivas a la zona rebelde, pero también fracasaron. Entonces ordenó fortificar los pueblos cristianos cerca de la frontera para defenderlas de las avanzadas rebeldes.
Mientras tanto, el Inca organizó un gobierno en el territorio liberado y en 1752 avanzó rumbo a Jauja y logró tomar Andamarca; pero, alertado de la cercanía de nuevas tropas coloniales se replegó hacia sus bastiones en el Gran Pajonal. El Inca optó por mantenerse a la defensiva mientras alistaba una nueva incursión a la sierra central.
Pero en 1756 el general español Pablo Sáenz y sus tropas lograron llegar hasta Quimiri sin recibir ataques de los nativos. Esto les hizo suponer que Juan Santos Atahualpa ya había muerto. En los años siguientes los frailes franciscanos recogieron la versión que señala que “lo habían muerto los suyos”, y que su cuerpo desapareció “echando humos”.
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